O tratamento de cada doença depende de múltiplos fatores como: a fase que essa se encontra, as doenças concomitantes (diabetes, pressão alta, problemas no coração), o impacto da doença na qualidade de vida do paciente, o risco cirúrgico, a adaptação à medicação e o mais importante: o desejo do paciente.
Na maioria das doenças urológicas é possível realizar trata mento clínico, cirúrgico ou ambos. O tratamento clínico se baseia principalmente em medicações, mudanças de hábitos alimentares, atividade físicas e abandonar alguns vícios. Já o tratamento cirúrgico, consiste em um procedimento que podem variar desde formas minimamente invasivas, sem cortes, com cortes discretos, até cirurgias de grande porte com necessidade de internação prolongada.
O tratamento de pedra nos rins (cólica renal) em algumas situações pode ser realizado com medicações sintomáticas e antibióticos para prevenção de infecções, em outras pode ser feita através do canal urinário ( sem cortes) com uso de laser porém, há casos que o melhor tratamento é cirurgia com corte na região das costas (percutânea).
Para o crescimento benigno da próstata, doença que atrapalha para urinar, existem medidas comportamentais e medicações que na maioria das vezes são suficientes para trazer uma boa qualidade de micção, porém alguns pacientes precisam de intervenção cirúrgica como a conhecida raspagem (RTU) por exemplo.
Alguns tumores malignos de rim e de próstata podem ser acompanhados de forma clínica, não sendo imperativo a cirurgia em um primeiro momento. Já tumores de bexiga, na sua maioria, tem como primeira conduta a raspagem através canal da urina, porém seu seguimento e prevenção podem ser realizado com medicações e exames seriados.
Não existe um tratamento padrão para cada doença. É necessário sempre individualizar o tratamento para cada pessoa sendo a decisão final um acordo do paciente com seu médico.